Der Verein wurde am 31. Dezember 1993 gegründet.
Anfangs ging es in erster Linie darum, für die Modernisierung des finanziell schlecht ausgestatteten Haus des Meeres zusätzliche Mittel aufzutreiben.
Erster Präsident war Karl Heilpern, Geschäftsführer der Wiener Shopping Mall „Donauzentrum“. Mit Hilfe seiner guten Verbindungen zur Wirtschaft und zur Prominenz gelang es ihm, dem Haus zahlreiche Sponsoren und Tierpaten zu vermitteln.
Diese Ära ging 1999 zu Ende. Im Jänner 2001 übernahm der Aquarianer und Naturfotograf Adolf Schatten übergangsmäßig die Präsidentschaft. Er versprach, den Verein, der damals kaum Mitglieder hatte, zumindest am Leben zu erhalten.
Ende des Jahres 2004 konnte die Tier- und Naturschützerin Evelyn Kolar dazu gewonnen werden, die Freunde des Haus des Meeres als Präsidentin zu betreuen. Die ehemalige Mitarbeiterin des Verhaltensforschers Otto Koenig brachte dafür die richtige Erfahrung mit: Sie war Managerin des 1959 gegründeten Tier- und Naturschutzvereines „Blauer Kreis“ und im Auftrag des Wiener Volksbildungswerkes (Basiskultur Wien) Organisatorin des alljährlichen internationalen Kongresses „Mensch – Tier – Umwelt“. 2015, zehn Jahre nach Evelyn Kolars Übernahme der Geschäfte, konnte der Verein der Freunde des Haus des Meeres stolz bekannt geben, bereits über 1000 Mitglieder zu verfügen. Mitte 2019 waren es 1300.
Vorrangiges Ziel ist es mittlerweile, möglichst viele Menschen emotional an das Haus des Meeres zu binden und damit einen Freundeskreis zu schaffen, der sich über das bloße Betrachten der Aquarien und Terrarien hinaus für Naturforschung, Fische, Amphibien und Reptilien engagieren will.
Der Initiator des Vereines und Stiftungsvorstand der gemeinnützigen Privatstiftung Haus des Meeres, Franz Six, ist seit 2010 einziges Ehrenmitglied.
Der Verein der Freunde des Haus des Meeres ist seit vielen Jahren Mitglied der Fachgruppe „Wissenschaften“ von Basis.Kultur.Wien